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La electroforesis es una técnica para separar tipos de moléculas relativamente similares. El proceso comienza colocando una muestra en el extremo del gel con un tampón adecuado. Se hace pasar la corriente eléctrica a través del gel, de manera que las moléculas migran según la carga, además de que también migran según el tamaño del poro, separándose las moléculas también por tamaño debido a la fricción.

Tenemos pues 2 tubos:
-Tubo 1: 2 microlitros de ARNm + 6 microlitros de agua DEPC
-Tubo 2: 8 microlitros de sobrenadante
A cada uno de los tubos vamos a añadir 2microlitros de buffer, que es una solución que da densidad a las muestras para que no difundan en el gel de electroforesis.
El gel de electroforesis lo hacemos con agarosa 1% en TAE 1x con 1 microlitro de bromuro de etidio (10mg/ml) por cada 20ml de gel que queramos preparar. El bromuro de etidio se utiliza porque tiene afinidad a los ácidos nucleicos, y además tiene la característica de que es visible con la luz ultravioleta, de manera que una vez corrido el gel, podemos observar las bandas donde hay ácidos nucleicos con la ayuda de la luz ultravioleta.
Ponemos a correr el gel.
Al final del proceso, si hemos hecho bien la obtención del ARNm y la electroforesis, al iluminar con luz UV deberíamos ver una banda casi al final del gel, que correspondería a ARN ribosómico que pudieron purificar junto con el ARNm, y que es más pequeño, por lo que corre más. Luego, en la parte superior a la banda de ARNr, aparece una mancha que recorre casi todo el camino del corrimiento, y corresponde al ARNm, que se presenta en distintos tamaños, por lo que no vemos una sola banda.

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