Se puede situar próxima a las algas verdes, también contienen clorofilas a,b aunque poseen otras características que claramente las diferencian. El asimilado no es el almidón sino que se denomina paramilón. También presentan superficialmente gran cantidad de cuerpos mucíferos, cosa infrecuente en las algas verdes. Es un grupo bastante homogéneo de morfología sencilla. En su gran mayoría son unicelulares que viven aislados, pero también hay algún representante colonial. La morfología típica de una euglenofita es ahusada, presentando en uno de los extremos una cripta o criptofaringe de donde normalmente salen dos flagelos, lo que ocurre es que uno es muy corto y no sobresale de la criptofaringe, parece que hay un único flagelo que posee dos raíces flagelares. En la proximidad de los flagelos se puede encontrar una vacuola pulsátil y una mancha ocular de tonalidad naranja muy chillón y muy fácil de ver. Gracias a esta mancha ocular las algas que la presentan son capaces de diferenciar zonas iluminadas de zonas oscuras, y en base a esto dirigen sus movimientos. Suelen presentar en la zona central un grueso núcleo, las formas plastidiales (la mayoría) suelen presentar numerosos y pequeños plastos que tienen gruesos núcleos de paramilón. Es de destacar la presencia de mitocondrias que tienden a ser más grandes y potentes cuanto mayor es el grado heterotrófico de la especie. No hay ninguna especie de euglenofita que sea autótrofa totalmente y necesita de al menos alguna vitamina, que es tomada del exterior. Pero también las hay que son totalmente aplastidiadas (completamente heterótrofas) y es en estas donde las mitocondrias son más aparentes. También presentan aparato de Golgi. Otra cosa característica es su pared celular, que es una fina película elástica fácilmente deformable. La película elástica está recorrida por una serie de estrías que van de un extremo a otro de forma helicoidal. Su número varía, y normalmente se sitúa entre 5 y 54 y tiende a se característico para cada especie, de manera que una especie siempre presenta las mismas estrías.

Son fundamentalmente de agua dulce, pero también las hay de aguas salobres y marinas. Son muy buenas bioindicadoras, son exigentes con las distintas sustancias que toman del exterior. Hay especies que al ser heterótrofas necesitan tomar todo del exterior, algunas lo toman incluso fagocitando, otras son parásitas y algunas representantes tienen una cubierta rígida, una especie de loriga que frecuentemente se impregna de sales de hierro. No viven en aguas limpias.

La reproducción se produce por división vegetativa. Jamás forman esporas, se conocen pocos estados de resistencia. Adoptan forma redondeadas y forman una pared de tipo mucilaginoso y en muy pocos casos se conoce la reproducción sexual, pero parece que se trata de isogamia.